Obras más notables:  Entre sus creaciones destacan personajes que forman parte de la iconografía universal como Spider-Man, los X-Men, Iron Man, Thor, Daredevil, Los Cuatro Fantásticos, Hulk y los Vengadores, además de su intromisión al mundo del manga con Heroman y el guion de la serie; último.
Su carisma y capacidad creativa influyeron en muchos autores posteriores. Algunos de los rasgos característicos de su obra son:
·         La humanización de los personajes, más allá de su identidad superheroica. Para ello, insiste en que todos sus héroes deben tener un punto débil.
·         Daba una gran libertad de movimientos a sus dibujantes, por medio del llamado "método Marvel": Lee hacía una sinopsis de la historia, que pasaba al dibujante, y luego escribía los diálogos basándose en el dibujo acabado. En ciertos casos, esto hacía difícil saber qué parte de la historia era de Lee, y qué parte del dibujante.
·         Insiste en llamar a sus personajes con nombre y apellido con la misma letra inicial (Peter Parker, Loki Laufeyson, Matt Murdock, Stephen Strange,Dum Dum Dugan, Fantastic Four, Doctor Doom, Curtis Connors, Bruce Banner, Scott Summers, Susan Storm, Reed Richards, Otto Octavius,Green Goblin, Silver Surfer, Warren Worthington, Pepper Potts, Fin Fang Foom y J. Jonah Jameson, entre otros).